仕事柄、電子書籍に興味があるので、数台手に入れて使いまくりしてます。
電子書籍のフォーマットはTopazよりEPUB。凝ったものならPDFかなぁ。
EPUBは、iPadのiBooks、Sony Reader、Google Booksに採用されています。
EPUBのエディタとしてSigilがありますが、InDesignCS3以降からも書き出しができます。でも、一応、EPUBの仕組みを理解して、簡単な修正はソースを直接訂正してほしいですね。XHTML/XML+CSSで作られているため、Webデザイナーにとってはそうハードルが高くないと思います。
PDFは、Acrobat9から様々な形式の動画をPDFに変換することができます。また、動画を高圧縮のFlash (FLV 形式)に変換されてPDF に埋め込むことができます。
レイアウトが複雑で、動画を配置するなど凝った電子書籍は、PDFを採用するのが最良かもしれません。
PDFはiPad標準のSafari、Mailで開くことができますが、専用アプリを用意された方がいろいろと便利です。
iBooks、ReaddleDocs、GoodReader、iAnnotate PDF、Files HD、文庫HD、Dropbox、CloudReaders等いろいろあります。どれも一長一短あり、ご自分に合ったものをお探しください。
※2枚目の写真はGoodReaderの画面